Существует возможность установки приложений с CD без предварительного копирования на жесткий диск с использованием $OEM$\$1\ директорий. Осуществляется это достаточно просто при помощи добавления некоторых строк в RunOnceEx.cmd. Если вы еще не читали статью про RunOnceEx.cmd, то ознакомьтесь с ней.