Утилита работает из командной строки (сайт, загрузить). Работать с утилитой очень просто (setenv /?).
Пользовательские настройки: setenv -u имя_переменной значение
Системные настройки: setenv -m имя_переменной значение
Настройки Default User: setenv -d имя_переменной значение
Настройки текущего пользовательского сеанса: setenv -v имя_переменной значение
Допустим, если нужно получить переменную %temp% еще на стадии установки, то можно это проделать из cmdlines.txt, например:
:: Creating and Setting Temp folder...
md %systemdrive%\Temp
setenv -u Temp %systemdrive%\Temp
setenv -u Tmp %systemdrive%\Temp
Утилита удобна тем, что после задания переменной ею можно пользоваться сразу. Ну почти сразу - в следующей командной сессии. Чтобы использовать ее в текущей сессии, можно задействовать старую знакомую команду set:
:: Creating #EgOrus# var
set EgOrus=D:\EgOrus
setenv -u EgOrus %EgOrus%