Этот пункт необязателен. Вы можете использовать исполняемые файлы для выполнения задач, которые проще запустить отдельно, чем добавлять их в строки REG ADD в файле RunOnceEx.cmd. Чтобы увидеть как они запускаются, посмотрите пример файла RunOnceEx.cmd выше. В принципе, запуск их ничем не отличается от запуска других приложений и *.reg файлов.
Prepare.cmd может содержать все, что вы хотите выполнить
cmdow @ /HID
DEL "%systemroot%\*.bmp"
DEL "%systemroot%\Web\Wallpaper\*.jpg"
DEL "%systemroot%\system32\dllcache\*.scr"
DEL "%systemroot%\system32\*.scr"
DEL "%AllUsersProfile%\Start Menu\Windows Update.lnk"
DEL "%AllUsersProfile%\Start Menu\Set Program Access and Defaults.lnk"
DEL "%AllUsersProfile%\Start Menu\Windows Catalog.lnk"
EXIT
Если вы не понимаете, что делает данный файл, то не используйте его. Вкратце, он удаляет все обои и скринсэйверы, используемые в Windows по умолчанию, а также удаляет различные ярлыки из меню Пуск.
Cleanup.cmd может содержать команды для удаления ненужных директорий и перезагрузки компьютера после установки всех приложений.
cmdow @ /HID
shutdown.exe -r -f -t 30 -c "Windows XP will now restart in 30 seconds..."
net user aspnet /delete
RD /S /Q %systemdrive%\drivers\
RD /S /Q %systemdrive%\install\
EXIT
Вы можете объединить оба файла в один, без разницы.