Для начала проверьте правильность синтаксиса и кодировку au3-файла. Для проверки синтаксиса удобно использовать специальные редакторы - мне нравится SciTE (Ctrl+F5 - проверка синтаксиса, F4 - переход к след. ошибке).
Если Ваш скрипт где-то, непонятно почему зависает, то посмотреть что его так озадачило можно так:
Добавляем в начало скрипта строку Opt("TrayIconDebug",1) и убираем строку Opt("TrayIconHide",1) конечно, если она есть.
Запускаем скрипт и, когда он застрянет, лезем мышкой к иконке АвтоИт-а в трэе и не нажимаем клавиш. Появится всплывающая подсказка, состоящая из 2 строк - в первой будет имя скрипта, а во второй строка на к-рой он застопорился (что-то вроде Line 5: WinWait("Name","Text")) Причем лучше запускать au3-файл, т.к. в случае с exe (откомпилированный скрипт) не будет показан номер строки.