Чтобы автоматически установить приложение, использующее InstallShield, вам надо предварительно создать файл setup.iss на рабочей ОС.
В принципе, достаточно запустить автоматическую установку приложения таким образом:
start /wait %systemdrive%\install\setup.exe /s
Проблема в том, что инсталлятор раздваивается на два процесса и закрывает первый, так что start /wait отрабатывает вхолостую. Вы, наверняка, захотите поместить эту команду в пакетный файл, устанавливающий также и другие приложения. В таком случае правильнее использовать еще и ключ /sms, который заставит инсталлятор дождаться окончания установки приложения. Таким образом, команда будет выглядеть так:
start /wait %systemdrive%\install\setup.exe /s /sms